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Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  47 lines
  1. ******************************
  2. * 5'-nucleotidase signatures *
  3. ******************************
  4.  
  5. 5'-nucleotidases (EC 3.1.3.5) [1]  are enzymes that catalyze the hydrolysis of
  6. phosphate  esterified at carbon 5' of  the ribose  and deoxyribose portions of
  7. nucleotide molecules.  5'-nucleotidase  is a ubiquitous enzyme found in a wide
  8. variety of  species  and  which  occurs  in  different cellular locations. The
  9. sequences of the following 5'-nucleotidases are currently known:
  10.  
  11.  - Extracellular 5'-nucleotidase from mammals and electric ray.  This  isozyme
  12.    is a homodimeric disulfide-bonded glycoprotein attached to the  membrane by
  13.    a GPI-anchor. It requires zinc for its activity
  14.  - Vibrio parahaemolyticus 5'-nucleotidase (gene nutA).  This isozyme is bound
  15.    to the membrane by a lipid chain.  NutA  requires  chloride  and magnesium
  16.    ions for   its  activity.  It  is    involved  in  degrading  extracellular
  17.    5'-nucleotides for nutritional needs.
  18.  - Periplasmic bacterial 5'-nucleotidase (gene ushA).  This enzyme, also known
  19.    as UDP-sugar hydrolase (EC 3.6.1.45), can  degrade  UDP-glucose and   other
  20.    nucleotide diphosphate  sugars.  It  produces  sugar-1-phosphate  which can
  21.    then be used by the cell. UshA seems to require cobalt for its activity.
  22.  
  23. 5'-nucleotidases are evolutionary related to the following enzyme:
  24.  
  25.  - Periplasmic bacterial 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase (EC 3.1.
  26.    4.16) (gene cpdB).  This  bifunctional  enzyme  catalyzes  two  consecutive
  27.    reactions: it  first converts 2',3'-cyclic-nucleotide  to 3'-nucleotide and
  28.    then acts as a 3'-nucleotidase.
  29.  
  30. All these  proteins share a number of regions of sequence similarity, of which
  31. we selected  two  as  signature  patterns.  Both regions are located in the N-
  32. terminal section  of  these  enzymes.  The second pattern contains a perfectly
  33. conserved pentapeptide.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVM]-x-[LIVM](2)-[HE]-T-x-D-x-H-[GSA]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38.  
  39. -Consensus pattern: Y-x(4)-[LIVM]-G-N-H-E-F-[DN]
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Zimmermann H.
  46.      Biochem. J. 285:345-365(1992).
  47.